Com 33 anos tornou-se presidente do Governo Regional da Madeira, a 17 de março de 1978, dia em que declarou que "a Madeira será o que os madeirenses quiserem".
É o político português há mais tempo em funções e foi o líder incontestado do PSD/Madeira, partido maioritário no arquipélago com 46 vitórias eleitorais consecutivas e que conquistou sempre maiorias absolutas nas regionais.
Jardim será substituído à frente do PSD/Madeira pelo ex-autarca do Funchal, Miguel Albuquerque, tido como um dos seus delfins mas que se tornou no principal rosto da contestação à sua liderança.
Para Jardim, neste período em que esteve à frente dos destinos da Madeira, “o mais difícil foi o relacionamento com a República", marcado por momentos de crispação com diversos governantes e responsáveis nacionais.
As acusações sobre o “défice democrático” na Madeira fizeram-no andar de candeias às avessas com os socialistas Mário Soares e António Guterres, tendo as suas declarações mais contundentes acontecido durante o governo de José Sócrates.
Em 2007, apresentou mesmo a demissão, voltando a recandidatar-se e a vencer a presidência do Governo, justificando que o Governo tinha “mudado as regras a meio do jogo” ao alterar a Lei das Finanças Regionais, “roubando” à Madeira 500 milhões de euros.
Jardim chamou o “senhor Pinto de Sousa” [José Sócrates] de “tigre de papel” que, “num país normal já estaria no olho da rua” e censurou o “exagerado narcisismo e orgulho pessoal” do ex-primeiro-ministro.
Mas, “apesar de tudo o que fez à Madeira”, o líder madeirense “perdoou” José Sócrates, argumentando ser “um dever de inteligência não esquecer” o apoio dado à ilha depois do temporal de 20 de fevereiro de 2010.
Cavaco Silva foi outro alvo das críticas. Em 2003, declarou que este “não era o seu candidato” à presidência da República e que seria um “descanso” se o antigo líder do PSD abandonasse o partido.
Em 2005, contestou o “senhor Silva” [Cavaco Silva] por ter, durante a campanha eleitoral para as legislativas nacionais, admitido que "apostaria numa maioria absoluta do PS e não do PSD", evidenciando divergências com o então líder social-democrata Santana Lopes.
Para Jardim, essa atitude de Cavaco Silva até “justificava a abertura de um processo disciplinar”, sustentando: “Se houver vergonha, culmina com a expulsão do sr. Silva do PSD".
Contudo, em 2008, manifestou o seu apoio “indiscutível” à recandidatura de Cavaco, opinando que era “uma das referências decentes” de Portugal.
Alberto João Jardim, que declara ter em Sá Carneiro a sua mais importante referência política, foi-se afastando da estrutura nacional do PSD mantendo igualmente um relacionamento difícil com o atual líder, Pedro Passos Coelho.
Os registos das suas afirmações polémicas e irreverentes são muitos, como algumas das declarações na festa anual do PSD/M no Chão da Lagoa contra o “senhor Pinto de Sousa” e as críticas a Paulo Portas por se ter comportado como um "autêntico submarino" na crise política do verão de 2013 quando se demitiu do cargo de ministro dos Negócios Estrangeiros.
Jardim foi criticado também quando se manifestou noutras ocasiões contra a imigração dos chineses por fazerem, na sua opinião, concorrência a Portugal; quando defendeu que “nem mais um tostão para Timor” bem como quando censurou a Maçonaria, o ‘lobby gay’, a lei do casamento homossexual e se insurgiu contra os “bastardos” da comunicação social, não se coibindo de usar expressões vernáculas.
Uma evidência da sua personalidade peculiar foi a participação nos cortejos de Carnaval do Funchal, disfarçado de Vasco da Gama, rei zulu, Romeu e do descobridor da Madeira, Gonçalves Zarco. Numa dessas ocasiões (1997) foi fotografado em cuecas, quando mudava de roupa, imagens que foram publicadas no extinto jornal ‘Tal&Qual’.
Jardim recuperou de um ataque cardíaco em janeiro de 2011 e deixa muita “obra” em termos de infraestruturas, um desenvolvimento que culminou numa dívida pública regional de 6,3 mil milhões de euros, da qual disse repetidamente “não se arrepender” e que resultou num duplo programa de ajustamento aplicado aos madeirenses.
Esta situação e a primeira derrota do PSD/M nas últimas autárquicas, em que perdeu sete dos 11 concelhos que governava, deram força à contestação interna.
Se confirmar a promessa de pedir a demissão da presidência do Governo da Madeira na próxima segunda-feira, Jardim deixa o cargo que exerceu durante quase quatro décadas, mas conclui que “correu tudo bem, como previsto e o jardinismo funcionou até o fim”.